4月21日消息，据微软在其网站上的一份支持文档中承认，与Windows XP SP2一样，Windows Server 2003 SP1也与14种软件不兼容，其中包括一些微软的软件。
与Windows XP SP2一样， Windows Server 2003 SP1也不仅仅是过去发布的补丁软件的合集，它也改变了系统的缺省设置，并包含有大量的新功能和工具。
同样，Windows Server 2003 SP1也给一些服务器软件带来了问题。最初时Windows XP SP2曾与50多种软件不兼容。微软在Windows Server 2003 SP1上对127种服务器软件进行了测试，支持文档指出，测试的目的是确保服务器软件在Windows Server 2003、Windows Server 2003 SP1上能够实现同样的功能。
在没有通过测试的14种软件中，有些是微软的软件，其中包括Inte.net Security and Acceleration (ISA) Server 2004 Standard、Exchange Server 2003、Systems Management Server (SMS) 2003。受到影响的其它厂商的应用软件包括冠群的Brightstor ARCserve Backup 11.0、Citrix的Metaframe XPe FR3等。
用户可以在微软的支持网站上查看已经通过测试和没有通过测试的应用软件清单。
与此同时，Windows Server R2 Beta 2也与22日正式发布,提供给微软测试员开始下载,，微软发布Windows Server 2003 R2版的目的是希望透过它填补Windows Server 2003 SP1和Longhorn Server之间的产品发布时间间隔。
微软向产品测试人员表示，Windows Server 2003 R2是Windows Server的过渡时期版本，它的核心基于Windows Server 2003 SP1平台，以及一些用户选择安装的部件。
R2的新功能包括：
Active Directory Application Mode (ADAM) 活动目录程序模式
SharePoint 2.0
Active Directory Federation Services (ADFS) 活动目录联合服务，也就是TrustBridge
Branch Office File Replication services (FRS) 分支办公室文件复制服务
Common Logging File Systems (CLFS) 通用登陆文件系统
File Server Migration Toolkit (FSMT) 文件服务器迁移工具包
Interix 及 Network File System (NFS) 网络文件系统支持
MMC兼容性
Simple SAN 简单存储区域网络支持
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