FreeBSD是一个自由的，源自AT&T UNIX的操作系统。目前已经不包含任何AT&T的代码。可以说它是正统的UNIX后代。而Linux是由一个芬兰Helsinki大学的学生 Linus Torvalds开发的UNIX的克隆。在Linus上大学的时候，由于AT&T与加州大学伯克莱分校在BSD版权问题上发生了法律纠纷，导致 BSD的源代码还不能自由使用，所以Linus写了他自己的UNIX版本（事实上，FreeBSD和Linux严格意义上不能叫做UNIX，因为UNIX 是The Open Group的注册商标）。
FreeBSD是一个完整的操作系统，包含了从开发工具到各种各样的应用程序。它由一个软件开发的核心团队来维护，整个原始程序代码会有组织地进行更新，所以程序代码比较有一致性。FreeBSD主要是由它的核心小组来发布。而Linux 只是一个内核，是由Linus Torvalds个人维护的。作为一个完整的系统，Linux中还加入了许多GNU的东西。所以Linux更确切的称呼应该是GNU/Linux。Linux有很多发行商，像Redhat，SuSe，Caldera，Debian，Slackware等等，它们互相之间是不兼容的，各个厂商都加入了很多自己的东西。所以说Linux正在像当年的UNIX一样走向分裂。不过，幸运的是已经有权威人士意识到了这一点。
FreeBSD的目标是提供一个坚如磐石的系统。它的技术性能是有目共睹的，十几年的开发使它成为一个“坚如磐石”的网络操作系统，有许许多多的大网站和ISP在运行着FreeBSD，免费和开放的特性使得它成为商业计算和科学研究的极佳平台。Linux是一个不断开发中的系统，全世界许许多多的 Linux爱好者在给它加入新的特性，但给人的感觉是它还没有长大成人。Linux的起源更多的包含了一种黑客精神，而FreeBSD则纯粹是从理论团体中走出来的，带有更多的学院派色彩，而且它的发展和计算机研究部门联系非常紧密，而不是黑客们随心所欲的结果。当各公司开始雇佣黑客来安装和管理互联网时，他们会比较自然地想到Linux这个老朋友，而不是（在他们看来）死板的 FreeBSD。
FreeBSD由于采用集中式的开发方式，所以FreeBSD的安装方式比较清晰，直接和高效。但对于那些习惯于图形化安装方式的朋友来说，FreeBSD可能会让他们失望。如果你习惯了FreeBSD的安装方式，相信你一定会爱上它的。Linux由于有很多的发行厂商，所以它的安装环境也是五花八门，有基于图形的安装界面，有基于字符的安装界面。各个发行商之间的安装方式还有所差异。如果你从一种Linux发行版转到另一种Linux发行版，你就可能需要学习一个新的安装工具。
由于FreeBSD曾经长时间地陷入了与AT&T的法律纠纷，严重阻碍了它的发展，所以使得它不太为人所知。如果没有这场法律纠纷，也许就不会有今天的Linux了。因为FreeBSD陷入法律纠纷的时候，Linux只是刚刚萌芽。Linux一个完全新开发的系统，没有遇到任何法律上的纠纷，所以在很长时间里，它是唯一一个免费的UNIX类系统，深受黑客们的喜爱。
由于人们对FreeBSD的认识比较少，使用范围也比较小，导致了它在对一些新产品的驱动支持方面不如Linux。因为商业应用软件和驱动程序的缺乏，所以FreeBSD仍然运行着Linux的程序，不管是商业的还是非商业的。而Linux的使用范围越来越广，并且得到了许多国际大公司的支持，所以有越来越多的商业化软件可以使用。而且，发展速度相当快，一般一种新产品出来不久就会有相应的驱动程序可以使用。 Linux不一定要运行FreeBSD的驱动程序。
FreeBSD拥有许多狂热的支持者，只要有谁敢说它没有Linux好，他们就会跳出来与之争辩。Linux也拥有许多狂热的支持者，只要有谁敢说它没有FreeBSD好，他们也会跳出来与之争辩。
总的来讲，Linux也是一个优秀的操作系统。至于，它比FreeBSD更优秀，这会引起很多人的争论。FreeBSD和Linux之间的不同更多的是哲学方面的问题，而不是概念方面的问题。事实上，它们之间是互相取长补短，现在许多人都运行着这两种系统。
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