许多工程公司对此缺乏明确的制度规定，没有规定项目部人员的出处、选用权限、项目部组建流程等规范的制度。这就导致：
第一，相关部门在人员配置上没有合理的规划。由于项目部人员配备没有一个规范的制度，因此各相关的职能部门在规划人员配置上缺少相应的依据，可能造成实际的人员招募、培养与实际的需要相脱节。
第二，难以平衡各项目部之间在人员配置上的需求。在人员选择权限不明确的情况下，当项目部之间在人员需求上出现冲突时，就靠非正式的协商方式尝试解决，人员输出部门很难进行平衡的协调。
2、缺乏强力的、规范化的项目协调机制
前文提到了，多头领导、多头指令、双向负责的现象是工程公司项目管理中必然存在的现象，因此协调机制与协调工作就显得尤为重要。但是大部分工程公司在这方面做的并不尽如人意。
从协调方式上，目前更多的是采取个人的、行政式的协调方式。依靠公司领导个人的权威以及行政权力；导致的情况是，一些公司领导比较关心的项目，工作相对容易开展，其他项目则协调工作相对开展难度较大。
应该说，以上的协调方式缺乏法定规则，不够规范，更多地依靠高层权威发挥作用，从短期来看能够解决一时的问题，但绝不是长久之计；另外，这种协调方式也会较多占用高层管理人员的时间和精力，使他们无法更多关注战略层面的思考与决策工作。最后，这种“人制”特点显著的方式，从本质上无法满足工程项目条线复杂、协调工作较多的特点，必然顾此失彼。
3、缺乏系统化的项目计划、监控与考核体系
项目运作的特点，就是“要在一定时期内、由固定的人员、在一定成本内完成某项固定的任务。”因此对于项目的时间、成本、技术、质量、安全、客户满意度等方面都需要系统的前期计划、中期监控、后期考核体系。
但是国内很多公司目前缺乏严格的监控系统，特别是对于成本监控方面是显著缺乏的，表现为目前大部分项目都没有开展财务预决算工作，因此对于项目的成本监控、考核也就无从谈起。
另外，有些公司中也存在着监控主体不明、多头管理的现象，多个部门涉及到监控职能，但是究竟哪个部门为主却没有明确。这也直接影响到了上述工作的开展。
针对上述问题，笔者建议从以下几方面着手予以改善：
1、在公司总体的组织与职责体系下，系统梳理项目组的岗位、职责、流程等
结构、职责、流程是保证组织顺畅运行与管理的基础，要解决好项目管理中的问题，也必须从上述问题着手，多花些心思、时间在基础性工作上。
在这一过程中，有很多经验和资料是可供参考的，比如国家建委新近出台的《建设项目工程总承包管理规范》中，就对工程总承包项目的岗位设置、职责等做出了明确规定。
2、建立强力的协调、管控部门与相关机制
要从根本上解决矩阵式项目中的双向冲突问题，必须有一个强力的协调部门以及配套的协调机制。
大部分工程公司都会设立类似“项目管理部”之类的部门，并且在人员配置上、权限分配上予以一定的倾斜和保障。
同时，也可以以该部门牵头，建立公司对于项目的管控机制，以计划、监控、考核为主要手段，实现对于公司项目的整体把握。
3、逐步建立项目人员储备机制
项目管理人员(特别是项目经理)的缺乏也是很多工程公司在进行项目管理时头疼的问题。而且，从人员比例上来看(项目管理人员：专业技术人员)，国内工程公司也是远远落后于国外同行的。
因此，尽快建立项目人员的储备机制，在公司内部技术人员中开展人员资格认定工作，建立合格项目人员(包括项目经理)数据库，项目部需要人员时，即可从相应的数据库中进行选择，也可以避免在人员招聘方面的重复工作与成本浪费。更可以逐步建立公司自身的人员阶梯与人员储备库，保证公司的长期发展。
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