许多组织机构将实施电子商务战略责任交给IT部门或某个单独的业务部门。由于这些业务部门无法改变其他部门(如销售、财务、人力资源等)的业务流程，因此在这种情形下电子商务系统的影响力和效益将大大受到限制。中央投资针对的电子商务计划所面临的挑战包括：
——难以在业务部门间区分计划优先次序(根据什么?)
——造成IT部门(由于预算有限，因此希望将费用降到最低)和其他业务部门(希望获得最大投资来实现部门效益)间的紧张态势。业务部门将中央投资视为“免费午餐”，因此尽量先夸大需求(因为他们知道要想获得他们最所要的将需要做出适当让步)。
——将IT部门视为“管理者”，而非服务提供者或合作伙伴
——无法让业务部门对电子商务实施的成功负有责任
某些联合(业务和IT部门)项目的投资模型使业务部门将部分预算预留于电子商务项目，从而规避了以上挑战。由于此类模型要求业务部门按需求量的大小来预留预算，因此可以有效减少在电子商务项目上的膨胀需求(和不切实际的需求)。
在思科的案例中，应用软件、项目管理、IT系统开发和支持费用均由用户部门来负担。我们将它名为”项目投资源于用户”(Client Funded Project)模型。IT部门负担基础设施的费用(如数据中心服务器、数据库等)。这种投资模型将实现ROI(投资利润率)的任务分配给了特定的业务部门，这些业务部门必须在电子商务系统投资和人力、其它计划等投资间进行权衡。
在联合投资模型中，区分预算和控制的概念是非常重要的。在许多组织机构中盛行一条黄金准则：“有黄金就有控制权。”一旦由业务部门来掌握预算，它所面临的一个很大的诱惑就是绕过IT部门，通过外部的咨询专家或建立相同的职能部门(俗称“灰色IT”)来开发电子商务系统。这将增加机构的费用和风险。CIO需要CEO级别的支持来确保将电子商务预算(一旦获得)用于企业IT部门。这样，IT部门将能够利用企业的IT架构，并保证系统得到完善的整合和支持。
设计高效IT管理机制的关键是确保不增加管理层或成本。例如：思科尽量避免使用成本分摊或内部收费，因为这将需要系统进行相应跟踪，从而可能需要增加繁杂的工作。
当项目很大且整体性很强、对业务的增益只能在很长的开发周期完成后才会体现时，可能需要详细的步进式的控制。但是，如果项目被细分为多个可以快速实施的模块、并能在短期内带来效益时，就可以通过效益评测进行有效管理，而不必进行过多的监控项目活动。基于效益评测、减少详细任务控制的管理系统的实施和运营费用较低。
组织结构
确保IT部门和业务部门紧密协作的另一个有效方法就是借助组织结构模型。此类机制可用于实现紧密的工作伙伴关系：
——IT小组职能专门化：应将IT部门划分为与企业组织结构对应的多个应用小组(如建立销售IT、财务IT、人力资源IT等团队)，这样可保证IT项目经理和分析师熟悉各自业务部门的语言、问题和实力。
——同处工作：应当将业务部门的IT小组与其用户安排在同一地点办公、并参加业务部门的会议等等。这样他们能够全面地溶入业务部门的运营中，同时有助于确保IT人员了解业务问题和需求，并有助于防止业务部门建立自己的灰色IT小组。
——联合评估：在对各业务部门的IT小组进行评估时，应当部分参考业务部门的意见。这将与面试、年度业绩评估和升职联系起来。因此，业务部门将参与IT员工(分配到该业务部门的)的选择和奖励(或惩罚)过程。这种方式也有助于保证IT部门以客户满意为己任。项目启动后，需要划分业务部门和IT部门的任务。
职责分明是通过将“怎样(how)”与“什么(what)”的分隔来实现的。业务部门将设定为电子商务系统的最终所有者，因此需要确定系统应实现“什么”功能，及采用“什么”顺序。IT要负责确保运营的高度整合性、可靠性和低费用，因此需要规定“怎样”采用技术(服务器、数据库、操作系统等等)实现业务部门的目标。
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