一、重大科技项目实施过程中存在的主要问题分析
1．重大科技项目建设目标不集中，建设子项目布局分散，使得项目资金投入不集中，造成项目建设的资源浪费较大，资源配置方式落后，配置效率比较低。
因此，从目标上看，项目的目标过于分散，布局不甚合理，甚至还不能突出关键目标，从而造成项目投资铺设面较大，项目投资不集中，在资源总量一定的条件下，随着项目的细化，每个项目的研究方向平均投资强度或者获得国家资金的支持力度，有可能下降。影响了项目投资的资源配置，也影响了项目的投资效益，虽然国家增加了项目投资，但也是无济于事，等于车水杯薪。尽管项目建设已经对相关计划目标进行了凝练与集中，也普遍增加了投入强度，但是还有必要进一步收敛目标，集中几个更加具体的研究方向重点突破，这样才能充分发挥国家集中财力的作用，也能向社会传递出更加明确的信息，以调动更加广泛的社会资源，实现国家对项目要求的建设目标。
2．重大科技项目过程管理模式比较落后，没有真正从现代项目管理的规律出发，过程管理模式缺乏创新性，未能建立项目的监督和监理机制，项目建设效益受到影响。
项目实施过程管理的有效性直接关系到项目实施成功的关键，也关系到国家的综合实力的发挥。尽管有的项目在实施过程中实行了类似节点控制，但是由于节点设计和控制，已经成为决定和影响项目申请能否过关和能否批准的一个重要因素，它的意义已经与原来的一般过程控制出现了很大偏离。因此。节点的时间间隔不应该脱离项目本身的发展规律。如何加强项目实施的过程管理，建立有效的过程管理模式、过程监督机制和运作机制是我们面临的重要问题。
3．重大科技项目实施过程中的管理专家与技术专家(学科带头人)整合不够，造成双方的信息不对称性，重大科技项目的信息时效性较差，造成重大科技项目的应变反应机制不及时，实则管理和技术两张皮。
如何把项目管理专家的综合管理优势与项目的技术领袖(项目负责人)的技术专长有机地结合起来，发挥互补型的倍增效应，将是未来项目实施高效组织实施的重要因素。项目的实施，不仅仅是单纯的技术开发，还包括项目的组织。谁来组织实施，如何组织实施，相应的责、权、利如何界定等，都会影响着项目实施的管理效率。在项目的具体组织实施过程中，合理配置人力资源，充分发挥技术人才与管理人才的积极性。是保证学科建设成功实施的决定性因素之一。
对于重大科技项目的宏观管理而言，缺乏项目宏观管理人员，致使项目由多个部门、多头管理。对于项目的微观管理而言，不善管理的项目负责人被推到了技术管理和项目组织实施的前台。因为，如果单纯的项目负责人作为项目组织者，无法调动更多项目实施的资源；如果由不懂技术的管理专家来组织实施项目的实施，又会造成学科技术信息的不对称性，管理专家又处于明显的不利位置。因此，如何将项目实施的管理专家和技术专家(项目负责人)整合在一起，建立切实可行的管理模式和运作机制，提高信息的对称性和时效性也是需重点研究的问题。
4．国拨经费的到位时间比较迟，重大科技项目配套资金的不落实，重大科技项目资金管理模式不合理，资金投入管理机制未能建立，影响项目实施的进度和质量，削弱了重大科技项目负责人的积极性，从而影响了项目的实施。
由于重大科技项目实施的资金投入流程牵涉到多个单位，能够保证重大科技项目实施的经费及时有效到位的运作机制和管理模式还没有真正建立起来，致使项目经费的投入与原计划规定的时间相比滞后，在—定程度上影响了项目的正常进度，影响了项目的效益和建设质量。建立何种资金管理模式，采用何种制度安排，建立何种投入机制，保证项目资金与社会资源的有效融合，发挥放大效应，也是科研管理者非常关心的问题。
5．缺乏风险意识，重大科技项目在论证和计划时，没有切实可行的风险应对计划，对重大科技项目实施中造成的风险听之任之。
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