在组织结构方面，应该建立重大科技项目管理委员会，下设项目管理协调办公室，主任由主管科技项目领导担任，日常工作由常务副主任负责，明确职责和权利；定期召开项目实施与管理协调会，克服管理人员与技术人员两张皮的弊端。同时，要配备德才兼备的，既懂项目实施，又懂项目管理的专职人员，只有这样，项目实施才能实现归口管理，统一调动项目实施的资源；项目实施才能得到组织保障，及时了解和掌握项目实施动态，开辟信息渠道，缩短信息传播幅度。
2.在重大科技项目实施过程中，普遍采用传统的管理模式，注重项目前期的可行性论证和项目后期的验收与交接工作，项目实施的全过程管理并没有受到足够的重视。鉴于此，对于重大科技项目实施和管理，应该加强项目实施的全过程管理与监督，实施过程管理的体制创新和制度创新，实施动态监督控制，引入项目实施与管理监理制度，及时建立项目实施信息管理通报系统，随时掌握和了解项目实施状态，为领导及相关部门提供动态信息决策依据。
项目实施过程中应该实施节点设置与节点控制的管理体制创新。根据项目实施的内部发展现律与建设特点，在项目实施过程中应该实施分阶段、节点接口式、里程碑(标志性成果)，以及阶段审计验收决策管理模式与运作机制。项目的实施和控制应该依次遵循由项目实施研究方向下的子项目、项目研究方向、项目总体建设的层次顺序，层层实施阶段、节点、标志性成果、阶段评审的动态控制整个项目的过程实施与管理。
项目实施过程中应该实施接口管理模式与运作机制。在项目整个实施过程管理中，应该采取阶段控制管理、节点控制、里程碑(阶段标志性成果)控制和阶段审批的决策方法进行控制管理模式。阶段建设结束，设置关口，实行里程碑(阶段标志性成果)技术性能指标控制，进行审计，达到要求后，进入下一个阶段建设。在项目实施的阶段接口处成立项目实施接口管理协调小组，负责项目实施接口处的组织与协调工作。
项目的实施过程中应该实施监督管理模式与运作机制，引入重大科技项目管理的监理制度。项目主管部门是项目实施的委托人，项目负责人是项目实施的代理人，其实质在某种程度上是一种“委托——代理”关系。为了使项目实施最终达到项目的规划目标，达到项目资源的最优配置，取得项目实施的最大效益，应该对项目实施引进第三方监督制度，也就是项目采用监理制度。
项目监理目标控制是项目监理的主要任务。项目监理受项目主管部门的委托，能够将项目建设的投资、工期、质量达到规定的质量标准和技术规范，使项目实施的投资效果和项目水平达到保证和提高。
项目监理在主管部门与项目负责人的合同交易活动之间起到制衡机制的作用。项目监理应该由主管部门以契约形式委托一些项目实施与管理专家，以项目监理目标规划为依据，以签定合同规定的内容为检查内容，实施动态控制项目实施的执行情况，实行社会监督和举报制度，规范项目实施；制定严格的奖惩制度，及时与项目质量检验部门、质量管理部门进行沟通，掌握项目实施过程的动态信息，督促项目的正常进行。在项目负责人和项目监理接口处成立项目实施督促合作委员会，定期举行圆桌会议，成员由主管部门代表、双方管理和技术人员组成。
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